Einen Kontrast zu den reichen herzoglichen Sammlungen bildet das Historische Museum, dessen Exponate ausschließlich von Gothaer Bürgern zusammengetragen wurden. Seit 1872 trugen sie alles zusammen, was ihnen bewahrenswert erschien und schufen so eine der bedeutendsten kulturgeschichtlichen Sammlungen Thüringens. Das Museum macht die Geschichte des Gothaer Landes seit der Steinzeit anhand von liebevoll ausgewählten Ausstellungsstücken erlebbar. Neben der Bewahrung von Alltagskultur – z.B. durch die Ausstellung einer kompletten alten Apotheke oder traditionell mit Waid gefärbten Kleidungsstücken – liegt ein weiterer Schwerpunkt auf der bewegten Geschichte Gothas zwischen Mittelalter und früher Neuzeit, als die Reformation auch in der Residenzstadt alles veränderte.

Wegen umfangreicher Sanierungsarbeiten wird ab 2018 eine Interimsausstellung gezeigt.